SimbolismoEl balandro simboliza la navegación de la región. La bordura está cubierta por una malla que representa la que usan los pescadores en sus faenas. Las conchas simbolizan al Apóstol Santiago, Patrón del Pueblo.
Descripción de la Bandera
De tipo rectangular, tricolor, compuesta de tres franjas. La primera superior de gules (rojo) simbolizando el color de la bordura del escudo. La segunda de centro de blanco (plata) simbolizando el color de las piezas principales que aparecen en blasón y su corona. La tercera inferior de azul simbolizando el color del cielo y el mar de Fajardo. Al centro el escudo oficial de la Villa en sus colores naturales.

Descripción del Escudo
Blasón de forma cuadrilonga, redondeado en su forma inferior y timbrado de corona mural de tres piezas (torres). Trae por soportes, dos delfines y debajo de la base un volante con una inscripción SANTIAGO DE FAJARDO.
SimbolismoEl azul representa el color del cielo y el mar en Puerto Rico y en heráldica simboliza el zafiro y su significado es: justicia, vigilancia, recreación, celo y lealtad de sus ciudadanos. El plata se manifiesta también por el color blanco y simboliza a la perla. Significa: humildad, inocencia, felicidad, pureza, templanza, franqueza, integridad, elocuencia, limpieza y vencimiento (sin sangre) de sus enemigos. El balandro simboliza la navegación recreativa de la región. Las gaviotas en vuelo simbolizan en la heráldica marina: la providencia, el auxilio y la prudencia de encontrarse cerca de la protección costera. Las ondas de plata representan las ondas del mar. La bordura es en heráldica de primer orden y simboliza protección y amparo de la villa. Su color gule (rojo) simboliza el Rubí y significa: valentía, nobleza, intrepidez, alegría, victoria, generosidad y honor. las vaneras (conchas) simbolizan las usadas por el Apóstol Santiago, quien fuera el patrón de la villa en sus comienzos. Que sean ocho, representa los ocho barrios de Fajardo que son: Sardinera, Cabezas, Quebrada Vuelta, Demajagua, Río Arriba, Naranjo, Florencio y Quebrada Fajardo, que forman parte de la jurisdicción del Municipio. La malla que cubre la bordura simboliza la atarraya que usan los pescadores del litoral en sus faenas de pesca; producto éste que más abunda en esa costa de la Isla. Los soportes ilustrados por delfines de oro simbolizan el mando que los hijos de esa comarca ejercen sobre el mar y sus riquezas pesqueras.